Es gibt, je nach „Baustelle“, verschiedene Möglichkeiten Silikon restlos zu entfernen. Dies ist auch notwendig. Wenn zum Beispiel alte Fugen erneuert werden müssen, können Silikonreste die Haltbarkeit und das Aussehen der neuen Fuge beeinträchtigen. Auch in der Arbeitskleidung können sich Silikonflecken sehr hartnäckig halten. Nehmen diese Flecken überhand, kann der Tragekomfort darunter leiden. In alten Fugen, die entfernt werden müssen, weil zum Beispiel Schimmel oder Stockflecken das Silikon unansehnlich werden lassen, kann man noch relativ einfach arbeiten. Mit einem Teppichmesser kann man das Silikon an den beiden Rändern der Fuge sorgfältig einschneiden, um so die gesamte Fugenfüllung als durchgehenden Streifen herausziehen zu können.
Mit einem Lösungsmittel speziell für Silikon kann man die letzten Reste von den Kacheln wischen. Mit beiden Mitteln (dem Lösungsmittel und dem Messer) muss man aber darauf achten, dass man den Untergrund nicht beschädigt. Ungünstig liegende Kratzer und Flecken sehen nicht sehr schön aus. Auch für die Flecken, die bei der Arbeit an falschen Stellen landen, sind diese Lösungsmittel geeignet. Bei vielen Materialien könnte man aber auch auf die chemische Reinigung verzichten. Mit einem Spatel muss man zunächst alle groben Reste entfernen und dann die Oberfläche polieren. Ein einfacher Waschlappen kann (mit etwas Geduld) das gewünschte Ergebnis liefern. Auch mit Dampfreinigern haben einige Heimwerker schon gute Erfahrungen gemacht. Holzoberflächen sollte man dem Dampf aber nicht aussetzen. Diese bearbeitet man am besten mit Schleifpapier und ölt sie dann wieder gut ein.
Bei Silikonflecken in der Kleidung sieht die Lage dagegen etwas schwieriger aus. Die gängigen Lösungsmittel, die für Silikon im Handel erhältlich sind, greifen Stoffe zu sehr an, um damit die Flecken zu entfernen. Zwar wäre das Silikon anschließend weg, doch der Stoff hätte weit mehr Flecken als zuvor. Bei einem groben Stoff, wie zum Beispiel Jeans, kann man aber mit viel Geduld das Silikon mit einem Bimsstein entfernen. Der Stoff wird dabei aufgeraut, was aber bei einem groben Stoff nicht sehr auffällt.